L’ISPRA svolge le funzioni dell’Agenzia per la protezione dell’ambiente e per i servizi tecnici (ex APAT) di cui all’articolo 38 del D. Lgs. n. 300 del 30 luglio 1999 e successive modificazioni, dell’Istituto Nazionale per la Fauna Selvatica di cui alla legge 11 febbraio 1992, n. 157 e successive modificazioni, e dell’Istituto Centrale per la Ricerca scientifica e tecnologica Applicata al Mare di cui all’articolo 1-bis del D.L. 4 dicembre 1993, n.496, convertito in legge, con modificazioni, dall’articolo 1, comma 1, della legge 21 gennaio 1994, n. 61.
L'ISPRA è vigilato dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare.